A lo largo de la historia ha tenido tres rivales de patio con los que disputó el clásico barranquilleroSporting_de_Barranquilla Sporting de Barranquilla (de 1950 a 1953 y de 1988 a 1991), Deportivo Unicosta y el Barranquilla Fútbol Barranquilla Fútbol Copa Colombia, aunque también es célebre su rivalidad regional con el Asociación Deportiva Unión Magdalena de Santa_Marta, Deportiva_Real_Cartagena" de Cartagena de Indias.
En 1972, Fuad Char, trayendo como gran contratación al goleador brasileño Victor Ephanor y para el torneo de 1973 trae al goleador uruguayo Nelson Silva Pacheco procedente del Cúcuta Deportivo y quien al final del torneo termina como goleador con 35 goles. También trae a los defensas Gabriel Berdugo y Dulio Miranda (quien solo se quedaría ese año), jugadores insignes del equipo. Al siguiente año, el goleador es Victor Ephanor quien hace 33 goles, uno más que el goleador del Deportivo Cali Aristides del Puerto.
En 1975 llega el considerado mejor arquero de Junior en la historia: Juan Carlos Delmenico y se marcha el goleador del año anterior Victor Ephanor junto a Jesús "El Toto" Rubio y vuelve al equipo Dulio Miranda. Al siguiente año llega al equipo Juan Ramón Verón y al final se marcha el uruguayo Nelson Silva Pacheco.
Primera Estrella
En 1977 llegan al equipo Eduardo "El Indio" Solari y Alfredo "El Maestrico" Arango y vuelve Jesús "El Toto" Rubio. Junior gana el torneo apertura con 35 puntos y una ventaja de dos sobre su perseguidor el Deportivo Cali. Luego de quedar último de su grupo en el torneo finalización, Junior termina primero del Hexagonal Final, terminando campeón por primera vez y superando por tres puntos al Deportivo Cali, el subcampeón. Junior así clasificaba a su segunda Copa Libertadores dejando ir a Juan Carlos Delmenico, Eduardo "El Indio" Solari y Juan Ramón Verón para traer luego al uruguayo Nelson Silva Pacheco.En la Copa Libertadores, Junior quedó eliminado nuevamente en la fase de grupos, pero hizo una mejor campaña que la primera vez al quedar tercero del grupo. Al final de 1978 salen del equipo Alfredo "El Maestrico" Arango y Nelson Silva Pacheco. Para el siguiente año vuelve Juan Ramón Verón aunque al final de la temporada se marcha nuevamente.
Segunda Estrella
Para 1980 vuelve el arquero argentino Juan Carlos Delmenico y Junior gana el torneo apertura con 35 puntos y clasificando al cuadrangular semifinal y dándose el lujo de quedar último de su grupo en el torneo finalización. En el cuadrangular semifinal termina líder con 8 puntos, clasificando al cuadrangular final, donde terminó líder con 9 puntos sin perder ningún partido, sacándole dos puntos de ventaja al Deportivo Cali, subcampeón del torneo. Junior así conseguía su segunda estrella y su tercera clasificación a Copa Libertadores.En la Copa Libertadores, Junior quedó eliminado nuevamente en la fase de grupos, marchándose a final de año Juan Carlos Delmenico, Gabriel Berdugo y Jesus "El Toto" Rubio, renovándose la defensa con Edgardo Bauza y Alexis Mendoza. Además, al año siguiente llega la contratación más cara hecha por el equipo en su historia: Didí Alex Valderrama, procedente del rival de siempre: el Unión Magdalena. Aunque Didí Valderrama no colmó las expectativas, el equipo terminó subcampeón del torneo solo 0,75 puntos por debajo del América de Cali, flamante bicampeon del fútbol colombiano. Junior clasificaba así a su cuarta Copa Libertadores.
Tercera Estrella
En el 93 Junior termina con su sequía de títulos de 13 años, en el que solo obtuvo un tercer puesto en Campeonato colombiano 1991, sin embargo, para el 93 se armó un equipo ofesivo con los retornos de Oswaldo Mackenzie y Miguel "El Niche" Guerrero, quien regresaba a Colombia luego de una larga temporada, récord hasta entonces, en el Bari italiano, y la llegada de uno de los mejores jugadores colombianos de la historia y máximo icono del equipo:[10] Carlos "El Pibe" Valderrama. Ellos se sumaron a las figuras del equipo Iván René Valenciano y Víctor Danilo Pacheco. Juntos, estos 5 jugadores conformaron una de las delanteras más temidas por esa época en el fútbol colombiano y una de las mejores delanteras del Junior en todos los tiempos. Además de la parte ofensiva, se reforzó la parte defensiva con el retorno de Alexis Mendoza. En el torneo, Junior quedó líder del grupo B de la Copa Mustang I con una ventaja de 5 puntos sobre el segundo, y en la Copa Mustang II, Junior termina segundo con 35 puntos. Como bonificación, Junior recibe 1,50 puntos. En los cuadrangulares semifinales, Junior termina segundo por debajo de Atlético Nacional solo por la diferencia de goles. En el cuadrangular final, Junior termina líder con 7 puntos, los mismos del Medellín que terminó subcampeón por diferencia de goles. Además del campeonato, Junior tenía al goleador: Miguel "El Niche" Guerrero con 34 goles.[11] Junior clasifica a su quinta Copa Libertadores.En 1994 llega el delantero chileno Cristián Montecinos. Junior participa en su quinta Copa Libertadores. Termina tercero del grupo con 5 puntos. En los Octavos de Final vence al Colo-Colo de Chile en los penaltis 4-3 luego de un resultado global de 3-3. En los Cuartos de Final, Junior le ganó a Independiente Medellín con un resultado global de 2-0. En las Semifinales, enfrenta al Vélez Sársfield de José Luis Chilavert. Cada equipo gana un partido 2-1 por lo que el resultado global termina 3-3. Al final, en los penaltis, Junior fue vencido 5-4 quedando eliminado del torneo. Esta ha sido hasta el momento la mejor participación en Copa Libertadores de Junior. A final de año sale del equipo Miguel Angel "El Niche" Guerrero.
Cuarta Estrella
En 1995 Junior gana su cuarta estrella de la mano de Carlos "El Pibe" Valderrama, terminando el año con 62 puntos, dos puntos mas que el subcampeón, el América de Cali. Así Junior gana por cuarta vez el campeonato colombiano, en un año donde Iván René Valenciano se corona por segunda vez como goleador con 24 goles.En 1996 participa en su sexta Copa Libertadores, llegando hasta cuartos de final y siendo eliminado por el América de Cali. En el torneo colombiano, Iván René Valenciano consigue su tercer título de goleador con 36 goles. A final de año, salen del equipo Carlos "El Pibe" Valderrama y Cristian Montesinos.
Quinta Estrella
En el 2004 llega al equipo el argentino Omar Sebastián Pérez para la Copa Sudamericana. Junior llega hasta cuartos de final, siendo eliminado por el Internacional de Brasil con un resultado global de 2-1. En el Torneo Finalización Junior llega a la final con una ventaja de 5 puntos sobre el segundo en el grupo B de los cuadrangulares y en la final contra Atlético Nacional termina en un infartante resultado global de 5-5. En los penales Junior vence 5-4 y gana el campeonato. Además clasifica a su décima Copa Libertadores. También en el 2004, Junior gana el torneo amistoso Copa Cotton USA en honor a Andrés Escobar.
En el 2005 Junior pelea por la Copa Libertadores llegando hasta los octavos de final, donde es vencido por Boca Juniors de Argentina con resultado global de 7-3. Ese año salen del equipo Omar Sebastián Pérez, Martín Arzuaga y Macnelly Torres.
Pelea por el descenso
Luego de varias malas campañas, en el 2008 Junior pelea por el descenso en el peor momento de su historia llegando a estar hasta 9 puntos del segundo candidato al descenso. Para esto Junior contrata a Giovanni Hernández y Hayder Palacio (quien se había ido en 2006) y a mitad de año vuelve Martín Arzuaga. Al final del año Junior se salva del descenso. Este proceso siguió en el 2009 donde se descubren figuras como Teófilo Gutiérrez y Carlos Bacca y se llegó a la final de la Copa Mustang I, perdiéndola con el Once Caldas con un resultado global de 5-2. A final de temporada Junior termina líder en reclasificación y se clasifica a su 10 Copa Libertadores, sin embargo, es despedido el tecnico desde 2008, el colombo-uruguayo Julio Comesaña, llegando a la nueva dirección tecnica el colombiano Diego Umaña. Ademas sale, el goleador del equipo Teófilo Gutiérrez
Quinta Estrella
En el 2004 llega al equipo el argentino Omar Sebastián Pérez para la Copa Sudamericana. Junior llega hasta cuartos de final, siendo eliminado por el Internacional de Brasil con un resultado global de 2-1. En el Torneo Finalización Junior llega a la final con una ventaja de 5 puntos sobre el segundo en el grupo B de los cuadrangulares y en la final contra Atlético Nacional termina en un infartante resultado global de 5-5. En los penales Junior vence 5-4 y gana el campeonato. Además clasifica a su décima Copa Libertadores. También en el 2004, Junior gana el torneo amistoso Copa Cotton USA en honor a Andrés Escobar.
En el 2005 Junior pelea por la Copa Libertadores llegando hasta los octavos de final, donde es vencido por Boca Juniors de Argentina con resultado global de 7-3. Ese año salen del equipo Omar Sebastián Pérez, Martín Arzuaga y Macnelly Torres.
Sexta Estrella
Después de la decepción de no ganar un solo titulo en 2009, Junior despidió a Julio Avelino Comesaña como técnico contratando inmediatamente a Diego Edison Umaña. Con Umaña llegaron los refuerzos para encarar la Copa Libertadores y elTorneo Apertura. Los mas renombrados fueron Víctor Cortés, Paulo César Arango, Román Torres y Martín Arzuaga (quien se habia marchado a finales de 2008).
El primer reto era la Copa Libertadores y evidenciando la falta de tiempo de preparación del equipo, en el primer partido se empata 2-2 en Barranquilla, una plaza casi inexpugnable hasta para los mas fuertes equipos colombianos. Mientras tanto el Torneo Apertura se jugaba con suplentes con buenos resultados. Sin embargo, una pesima actuación del arquero Adrián Berbia en el partido de Montevideo, hizo que Junior perdiera 2-0 y con esto quedara afuera de la Copa Libertadores sin siquiera jugar la fase de grupos. Este hecho sirvió para apartar del grupo a Adrián Berbia. En el Torneo Apertura se iba tomando ritmo de competencia poco a poco y se descubrió un nuevo diamante de la cantera con un golazo ante Quindío en la primera pelota que tocó: Jossymar Gómez, quien desplazó a Alexander Jaramillo de la titular. Junior nunca bajó del sexto puesto en el campeonato colombiano, sin embargo le tocó sufrir para clasificar a la semifinal, ya que debía ganar y esperar varios resultados, que al final se le dieron.
En las semifinales Junior enfrentaba a Medellín, rival que el campeonato anterior lo habia sacado de la final. En un partido en Barranquilla donde Junior demostró jerarquía, se recuperó de un 0-1 de camerino que revivia fantasmas y terminó venciendo 3-1. Para el partido de vuelta en Medellín, Junior se plantó fuerte en defensa, logrando perder por 1-0, clasificando a la final por diferencia de goles. En la final enfrentaría a Equidad, equipo que venía de dar la sorpresa eliminando al Tolima desde el punto penal. En el partido de ida, en Bogotá, Junior perdió 1-0 en un partido donde reservó a Jossymar Gómez y dejó a Carlos Bacca y a Víctor Cortés para jugar solo el segundo tiempo. En el partido de vuelta, en Barranquilla, Junior nuevamente demostró que cuando se lo propone puede vencer y en tan solo 20 minutos ya estaba ganando 2-0, dandole vuelta al resultado global. Luego de un letargo de muchos minutos, donde Equidad logra marcar gol, Junior se sacude y en el segundo tiempo ataca con todo a un rival que se refugiaba en su arco con el objetivo de ir a penales, formula que le había dado resultado en el partido de semifinal. Sin embargo, cuando faltaban pocos minutos para los 90 reglamentarios, Carlos Bacca en una jugada de mucha fortuna marca un gol al rebotarle el balón en la canilla despues de un rechazo de John Viáfara superando al portero de Equidad. El partido estaba 3-1 y con mucha entrega se mantuvo así el tiempo restante mas los 5 minutos de reposición. Junior ganaba así su sexto campeonato colombiano. Además Carlos Bacca se coronó goleador junto a Carlos Rentería de Equidad con 12 goles.
Fuente: Wikipedia
